fioreDB : Database for Flower Bio-engineering by CRES-T system
fioreDB : Database for Flower Bio-engineering by CRES-T system

Locus Common name Short description
AT5G58900 Homeodomain-like transcriptional regulator (.1)

>AT5G58900.1 genomic map

>>Show CDS map




Uncut enzymes: ApaI, AscI, BamHI, NcoI, NotI, PstI, PvuII, SmaI
Name Recognition sequence Cut positions
BglII A|GATCT 2494, 2533, 2594, 4186, 4346
EcoRI G|AATTC 7103
EcoRV GAT|ATC 7702
HindIII A|AGCTT 1878, 3322, 7216
HpaI GTT|AAC 1289, 2559
KpnI GGTAC|C 1853
NdeI CA|TATG 497, 1484, 4149, 6115, 6533
NheI G|CTAGC 5731
PacI TTAAT|TAA 791, 1794, 1925, 2964, 7325
SacI GAGCT|C 492, 5853
SalI G|TCGAC 4685
SpeI A|CTAGT 1453, 3255, 5367, 7340
StyI C|C[AT][AT]GG 746, 4100, 5091, 5899, 7396
XbaI T|CTAGA 4976, 7024
XhoI C|TCGAG 2590, 3999


Click here to view TAIR data

>AT5G58900 genomic sequence (4668-5113,5640-6060,) length:7711
gcaatttctt ttttttttta ctaatttcgt tgcaaattgt caagtagatt 
50
taccccaaag ggacaccaga cggtgcttaa cggaattata gaagattatc 
100
attataaatg ccaaatttca cggatcgtct ttgacaaaat caaaaggttt 
150
ggtcggtgtt cctttgaggt tttggttaaa tgattttttt ttttttctgt 
200
ttatcattta cacacgaata ttgtccaatt agatcgtcaa aactcaaaac 
250
ctctagctca ctattagact atatttcttt tagcttattt tccactcgat 
300
ttcaacatgt cataaccctc acatcttgga agtcccgaaa aactccaaga 
350
tattcgaatt taaaatttga taaagacact gctgtgaaat ataaattgat 
400
agagaaagtt gatgtagcat attttgggag tgtaagttgt gtaacacaag 
450
agggtgtcgt attgaacata taaaacgcag atgttgaagg tgagctcata 
500
tgtaagttat gtaaccattt gattggctac ttctgtttgt ttgtttcttt 
550
ctttttaata aaatatagtt tgttcaaatg aataaacaat tatttacgtg 
600
tgcatataat atcgagctat actggaatca caatttccat gaaaatatca 
650
taataataat tttatatatg agtaaataaa caaattgtca gggaattgat 
700
tccaaaagat tttggatgtt tcacccattt cgcaagacgt ttgccccttg 
750
gtgcactaga acctcagttt gattttttag gttccagatt aattaaacag 
800
atttctgtct tattccttgc ttgaaataat taattgacta atataataac 
850
gatgttggta tgtaaactaa ttaaaaagta attatattgg aagatttcta 
900
ttaatgggaa aaagttgttt ggagaatatt attagttgta ccaaaaatgg 
950
caaaacctac tattcaatta tgagttgcca tgcctctcca acatttagac 
1000
cttcccctgc atatacctcc ttgaaagtcc aaaggggcac taagaatccc 
1050
gagattaata taataccgta ataagaaact tgattaaatc attaataggc 
1100
caaagtaaac atgcatatat tacaaaaatt ctgacaatga atactttata 
1150
ttttttggca atctggcgat atatcttttt tatttttttt taataaaatg 
1200
ttaaattata cttaaaagaa aaaatgtcgg ttgtacaacg agtgcatcat 
1250
ggtgtttaag agactaagcg gagagctata ctttacaagt taactactag 
1300
agtttaacta ctagagttta atctggtaat atatcacaca tcatgcatag 
1350
aattaattta acagattttt ggggttaatg aattagttta gctgtttttc 
1400
atatatgatg aaacatgtgc aaaagattat agaattgacg atttcattat 
1450
taactagtgg tgtgatcact tcaatatcct tttcatatga aatgacatac 
1500
atgattccaa agtgtttggt caatcctttt ttggcaattg actaatccca 
1550
aagcatgtat tttcttaatt atatttaaag taatatgtca tatttagttt 
1600
aaaaagtttt ttgataggat aacgtattga agaaacatcg aattagatac 
1650
aaaaaataat cgtaactgag aaatgtagat atgacatatt actctatata 
1700
tatattagcc gtaactatca ctggagatgt acactgtaac atataaatga 
1750
ttgggggaca aaggtttttc tctaatagta tatgatcaag gttaattaaa 
1800
cattctgaac tggattaagg tgatataata tactactctc taagtacggt 
1850
atggtaccat taccggccat gtaacacaag cttaccggtt taaaagacat 
1900
aatctatttg actaaaatgt aattaattaa ttagggctcc ctaaacactg 
1950
ttattaggaa atgcgatccg tgaaatgggg aatgttatgt tgtacgaaac 
2000
tcggtaatgg atttctttga catgttccaa gattcttcat aaaataaaat 
2050
aaaatcatta tggtgttttg aataaaagac aactcatgcg atggtcaact 
2100
actgtgatag aaactcacca ataaaatcaa tttgacattc tttttgaatg 
2150
aaattttgtt gctaagggaa taaattaaga gatgcatggt atattttagt 
2200
gatgtaccat ttaaccatct tgtaaaatat actcatttct tttctcattt 
2250
attataaagt ttatataatg cattatttga tactaattat gtatacttat 
2300
tatttttttt tatttttttt aatgtatact tatttcttat gtttaaatgt 
2350
ttatttcctt aaatttaatc aaaaaaatat gtttcaaaca tcgatctgat 
2400
taattacaaa taacctccat agaatctgtg ctttaaaaag acaagcaact 
2450
atgatgatca ttaaccaaac cgaaccaaat tgggagcaat cggagatctc 
2500
acgtgtccac ttttcattaa atcataatga atagatctaa cgtacagtat 
2550
taagccacgt taacaaatca taatggagaa gacagattcc tcgagatctt 
2600
aaaaaaaaca gaaaaggaaa ataaaagaaa acagtaaaga gagagagaga 
2650
gagaaagaac cgaccaatga taatgcaaaa cgcggatctc acgtggaccc 
2700
ctttgtacaa cttggccatg aaagttaccg ctgatctcga ccgttcattt 
2750
ggcggctcct tttccctcat ctgacacata aaatcccaat ttgccaatat 
2800
tatacaaaat gtacgtaatc agtgaaaata aagattataa aagtatacag 
2850
aagcacgtat atgtttgttg tatattagtt taatatgaat gttgaaaact 
2900
tggtattgtt ttttcagagg catcgtacac tcccacaaaa tgtcaacttc 
2950
gcgtatttaa attaattaaa taattatcat acattgtttt tgagtttttt 
3000
ttctcccttt tttgtgcctc aatgtcaatt attttgtatt tcacaattta 
3050
tcagagtgtt caccagcatt attattttgt aattatatcg ttcacggaat 
3100
ttttcttcga ttcattttat tttctttctc aaagttccaa aattatattt 
3150
ttcatgtctt tccgtgtgac caaatcaaac acaagaattt acgatttcat 
3200
cattaatcga tttacattta gttcgaactc taacatattt gttacgccat 
3250
ttatactagt gaatatgtaa gacagttata actgtaaagt tctaactata 
3300
ctaattactt ttccattgaa aaagcttaaa agtttttagg gtccaattaa 
3350
gtagctaaag tttaatcaaa atgatttcaa aagtagtaga aaaatatgca 
3400
gttttgttta accggtggtg aaatgatgat tatgaaatta agaaaaaaaa 
3450
atgtttatga ttaagaaaga gtttgtaact atgtataagg agtaaaagta 
3500
atcttgatta ggaaaataat tttaaaatta cagcaaacaa tttagttttc 
3550
attttcaata atagtgaata taattaaaca atttataaaa taaaataaaa 
3600
ataggagaaa ttgaaaaatg gaccacattt ggtgtataga tagacacgga 
3650
cggtagtgag caatttttta agcggttcat aaccacttta ttttaaattt 
3700
taatacatgt tttaatcatc ttttctcatt tcaaatatct atttgaagcg 
3750
tccgtttaaa actttcaacc attttaccca aaactgttaa gtcatgagta 
3800
tttttaacta ttaagcagga atattactat gcaaggtgac aaaaaaatag 
3850
aaagaagtaa aaaagagaat caaatcttaa attttaagaa gaaaagaaaa 
3900
aacagcatca accaaaaata ataatttatc aaggacagaa ctataagagc 
3950
ccaaatcatc acctcctttc tctgcctact tctctctttt ttttttaact 
4000
cgagaagttt ataatctggt ttctgatttt agttttcttt ccatttatgg 
4050
gttcatttgc ttcttcttgc acgttatagt tttcctaatt gggtaagctc 
4100
caaggtagct tcttcaatat taatttcatt tttttcattt tctgtagcca 
4150
tatgtttatt ttcccgagaa atattatcca cacccagatc tttaaatctc 
4200
ttttaactct gagtctctga tacttaaata ccactcatgc tgcttattag 
4250
ctccaccaaa tctggaaaac caatagattc tttttatttc ttctgcaaaa 
4300
atctcagagc taccctaaaa attctctctt tttgactcac ttaccagatc 
4350
tccactagat tttactcaat tctttttcaa aaggtttaaa cttttataga 
4400
ttccttgaag tgggtctaag caatgcttca gagaaattcc gatgatttct 
4450
tctctaacca aaataaaaat gaagtatcat ttgatagtga tttttgtgtt 
4500
cttcttttga ttctcttatc tcttccttcc catcaataaa cccaaaaaaa 
4550
ttaatatcat ttttgggatc ttattgatcc caaaattcgt aaatccgttg 
4600
acctttgtcg gcatgatttg ttcttactta ccgtaaaaaa aacagagcta 
4650
ggttttagtt ttcggacATG GAGGTTATGA GACCGTCGAC GTCACACGTG 
4700
TCAGGTGGGA ACTGGCTCAT GGAGGAAACT AAGAGCGGCG TCGCAGCTTC 
4750
TGGTGAAGGT GCCACGTGGA CGGCGGCAGA GAACAAGGCA TTCGAGAATG 
4800
CTTTGGCGGT TTACGACGAC AACACTCCTG ATCGGTGGCA GAAGGTGGCT 
4850
GCGGTGATTC CGGGGAAGAC AGTGAGTGAC GTAATTAGAC AGTATAACGA 
4900
TTTGGAAGCT GATGTCAGCA GCATCGAGGC CGGTTTAATC CCGGTCCCCG 
4950
GTTACATCAC CTCGCCGCCT TTCACTCTAG ATTGGGCCGG CGGCGGTGGC 
5000
GGATGTAACG GGTTTAAACC GGGTCATCAG GTTTGTAATA AACGGTCGCA 
5050
GGCCGGTAGA TCGCCGGAGC TGGAGCGGAA GAAAGGCGTT CCTTGGACGG 
5100
AGGAAGAACA CAAgtaagtc tctgtttctt cttttacaca aaaaagaaag 
5150
aaaaaatctc tgttcttttc cggtttattg ggaattgaca ttaaaccgga 
5200
attagatggt tttataccgg aatggtgaaa tttaaatcta cttaaaaatc 
5250
agctcagtca gtggtgaaat tgacataaat gttggtcact aatcatgcaa 
5300
ggtagtaaaa tagttaaaca taaatcagtg acatgattga ttggaaaaat 
5350
atccaatatt taaattacta gttaatgaca atttgatagt ataaatgtat 
5400
aacactgtgg ttgtatataa ctttatgaaa atatcttaga ttagatattt 
5450
ctcacaatcg ggctatttct aatttgtttg aacaaatgca ttgcataatc 
5500
gtagtatgat ttatgcaaca ctgtttagct gcaaaatctt gcctaatcac 
5550
atatataacg catcaaacct acaaagaaca atttatttgg gtcaagattg 
5600
tatgtagata tatttgattc catatttgtc acaattcagG CTATTTCTAA 
5650
TGGGTTTGAA GAAATATGGG AAAGGAGATT GGAGAAACAT ATCTCGGAAC 
5700
TTTGTGATAA CGCGAACGCC AACACAAGTA GCTAGCCACG CCCAAAAGTA 
5750
CTTCATCCGG CAACTTTCCG GCGGCAAGGA CAAGAGACGA GCAAGCATTC 
5800
ACGACATAAC CACCGTAAAT CTCGAAGAGG AGGCTTCTTT GGAGACCAAT 
5850
AAGAGCTCCA TTGTTGTTGG AGATCAGCGT TCAAGGCTAA CCGCGTTTCC 
5900
TTGGAACCAA ACGGACAACA ATGGAACACA GGCAGACGCT TTCAATATAA 
5950
CGATTGGAAA CGCTATTAGT GGCGTTCATT CATACGGCCA GGTTATGATT 
6000
GGAGGGTATA ACAATGCAGA TTCTTGCTAT GACGCCCAAA ACACAATGTT 
6050
TCAACTATAG ctaatgaaga tccatctctc taattaaaaa gtgtaagtta 
6100
aattcttaat ttttcatatg gacgaaacaa tcatatttgg caattgtata 
6150
ataaacgtcc attgttttaa ttccaaattg aaatagttaa taaaagtctc 
6200
ttgacagtgc ctaagttatc tttgagtaaa attgttagtt aagtttcaaa 
6250
tggttgcaag ttgcaaatta acaagtggtg tgacaaaatg aaagataggt 
6300
gatgccaaat taaaacgata tacaagtgaa gccaaattat atcgtcttta 
6350
acagcttacg ttatacgcat atatacaaca taactccaac tactcatcca 
6400
cttcacttct ggaccaccga tacgaaatgg gctgtcacag cttcacatct 
6450
aatacacaca agttcatcag cggtttaaga ttcatgaaca tgcttgaagc 
6500
gtaaaccgag actaaaccta acaaaacatc atcatatgtg ttgtgtacga 
6550
tagacaaacc cgatcgaatt agcagatgta agaagtgctt aaacaaatcc 
6600
taaacagtgc caaatatgca aatggtggtt gtgaataacc ccttttgaga 
6650
aacacaacaa tagtctaatt catatcagca ttatcatatt atatagtatg 
6700
atgcataaaa aaaatattaa atccgatatt gtgcagtgtt agttgttgag 
6750
ggaaaaaatt aaaaaaatat gtttgtaata caagttgcag ggaaaaaggt 
6800
tcaaagacac aaagttggcc atctctaact taaatatcca atatttgtcg 
6850
tgtaatgttt gaataatgta tagatcacaa tatggcatta ttcgttgttc 
6900
gtctcaatca accaaactat tctttcaaca accacttgaa gttataacaa 
6950
cggacaatgt ttgagaacag tgcaactaat taaactttat agtccttaat 
7000
tttttctttt attttttcct ttttctagac acgctataga tagtctgtag 
7050
gacagtagac actatacgta ttttgttttt ttggtataac caaagaattt 
7100
tggaattcaa tcaacaaaaa ggtacaaatt attaattagc ttttaaaaca 
7150
atgaacaaaa gctatcaagt aattgaataa tcaacaaaga ttaaaaaaga 
7200
tattttcttt taaaaaagct tttacaaaaa taaattactc agttgcaaga 
7250
tttatagtct agtggttagg gttgtcaatg tcttaccatc ccaattaaaa 
7300
ctcgacacgg aaagtaaaat gattaattaa ttcatcttaa ctagttctta 
7350
tagattttgt tttttgggac aatttgggag atgatcatat aaaaaccaag 
7400
gataatataa taaaataagt ggtacattat tttctgagtg tttaaagaaa 
7450
actttacgta taaccgaaac ttgtataaaa tgtaaaaaga tgatgttatg 
7500
tcaaaaaaaa aacacttgac ttttgcatgt caagccatca tacacaaaaa 
7550
aaaattaaaa accccaacag aaacaaaact ataaaaccct aaaaactaat 
7600
aaagctccgt aattcaaaTC ATATCGTTTT CTTCCCTGAA AGCTCCCAAT 
7650
TTTCAACTTG ATTTCCCGAT AATCTCCAAT TAGGAATATT AAACGGGACT 
7700
TGATATCCCA T
7750