| Code name | RE_02H01 | |||
|---|---|---|---|---|
| Locus | AT4G09460 | |||
| Forward primer | ||||
| Reverse primer | ||||
| Alignment with TAIR7CDS | - | |||
| comment | SYM | |||
| sequence |
>RE_02H01_738bp ATGCCAACTTTGTACAAAAAAGCAGGCTTCATGGGAAGATCTCCTTGTTGTGAAAAAGCTCACACAAACAAAGGAGCTTGGACTAAAGAAGAAGATCAAC GTCTCGTAGATTATATCCGTAATCACGGTGAAGGTTGTTGGCGTTCTCTTCCTAAATCCGCTGGATTGTTGCGTTGTGGTAAAAGTTGTAGATTGAGATG GATTAATTACCTTCGTCCTGATCTTAAACGTGGTAATTTTACTGATGATGAAGATCAAATCATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGTAACAAATGGTCA TTGATAGCTGGAAGATTACCAGGAAGAACAGATAACGAAATAAAGAATTATTGGAACACTCATATTAAGAGGAAGCTTCTTAGTCACGGTATTGATCCAC AAACTCATCGTCAGATTAACGAATCCAAAACGGTGTCGTCTCAAGTTGTTGTTCCTATTCAAAACGATGCCGTTGAGTATTCTTTTTCCAATTTAGCCGT TAAACCGAAGACGGAAAATTCCTCCGATAACGGAGCTTCGACTAGCGGCACGACGACGGACGAGGATCTCCGGCAGAATGGGGAGTGTTATTATAGTGAT AATTCAGGACATATAAAGCTGAATTTGGATTTAACTCTTGGGTTTGGATCCTGGTCGGGTCGGATAGTCGGAGTCGGGTCATCGGCTGATTCTAAACCGT GGTGCGACCCGGTGATGGAGGCGCGTTTGTCACTGTTG >RE_02H01_translated MPTLYKKAGFMGRSPCCEKAHTNKGAWTKEEDQRLVDYIRNHGEGCWRSLPKSAGLLRCGKSCRLRWINYLRPDLKRGNFTDDEDQIIIKLHSLLGNKWS LIAGRLPGRTDNEIKNYWNTHIKRKLLSHGIDPQTHRQINESKTVSSQVVVPIQNDAVEYSFSNLAVKPKTENSSDNGASTSGTTTDEDLRQNGECYYSD NSGHIKLNLDLTLGFGSWSGRIVGVGSSADSKPWCDPVMEARLSLL |
|||
| Alignment |
◆CDS（TAIRver.9）_without_stop_codonとのalignment◆ 708/738 (95.9%)（アミノ酸配列で236/246 (95.9%)）一致しました。
10 20 30 40 50 60 70
AT4G09 ------------------------------ATGGGAAGATCTCCTTGTTGTGAAAAAGCTCACACAAACAAAGGAGCTTGGACTAAAGAAGAAGATCAAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H ATGCCAACTTTGTACAAAAAAGCAGGCTTCATGGGAAGATCTCCTTGTTGTGAAAAAGCTCACACAAACAAAGGAGCTTGGACTAAAGAAGAAGATCAAC
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100
80 90 100 110 120 130 140 150 160 170
AT4G09 GTCTCGTAGATTATATCCGTAATCACGGTGAAGGTTGTTGGCGTTCTCTTCCTAAATCCGCTGGATTGTTGCGTTGTGGTAAAAGTTGTAGATTGAGATG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H GTCTCGTAGATTATATCCGTAATCACGGTGAAGGTTGTTGGCGTTCTCTTCCTAAATCCGCTGGATTGTTGCGTTGTGGTAAAAGTTGTAGATTGAGATG
110 120 130 140 150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230 240 250 260 270
AT4G09 GATTAATTACCTTCGTCCTGATCTTAAACGTGGTAATTTTACTGATGATGAAGATCAAATCATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGTAACAAATGGTCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H GATTAATTACCTTCGTCCTGATCTTAAACGTGGTAATTTTACTGATGATGAAGATCAAATCATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGTAACAAATGGTCA
210 220 230 240 250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330 340 350 360 370
AT4G09 TTGATAGCTGGAAGATTACCAGGAAGAACAGATAACGAAATAAAGAATTATTGGAACACTCATATTAAGAGGAAGCTTCTTAGTCACGGTATTGATCCAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H TTGATAGCTGGAAGATTACCAGGAAGAACAGATAACGAAATAAAGAATTATTGGAACACTCATATTAAGAGGAAGCTTCTTAGTCACGGTATTGATCCAC
310 320 330 340 350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430 440 450 460 470
AT4G09 AAACTCATCGTCAGATTAACGAATCCAAAACGGTGTCGTCTCAAGTTGTTGTTCCTATTCAAAACGATGCCGTTGAGTATTCTTTTTCCAATTTAGCCGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H AAACTCATCGTCAGATTAACGAATCCAAAACGGTGTCGTCTCAAGTTGTTGTTCCTATTCAAAACGATGCCGTTGAGTATTCTTTTTCCAATTTAGCCGT
410 420 430 440 450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530 540 550 560 570
AT4G09 TAAACCGAAGACGGAAAATTCCTCCGATAACGGAGCTTCGACTAGCGGCACGACGACGGACGAGGATCTCCGGCAGAATGGGGAGTGTTATTATAGTGAT
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RE_02H TAAACCGAAGACGGAAAATTCCTCCGATAACGGAGCTTCGACTAGCGGCACGACGACGGACGAGGATCTCCGGCAGAATGGGGAGTGTTATTATAGTGAT
510 520 530 540 550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630 640 650 660 670
AT4G09 AATTCAGGACATATAAAGCTGAATTTGGATTTAACTCTTGGGTTTGGATCCTGGTCGGGTCGGATAGTCGGAGTCGGGTCATCGGCTGATTCTAAACCGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H AATTCAGGACATATAAAGCTGAATTTGGATTTAACTCTTGGGTTTGGATCCTGGTCGGGTCGGATAGTCGGAGTCGGGTCATCGGCTGATTCTAAACCGT
610 620 630 640 650 660 670 680 690 700
680 690 700
AT4G09 GGTGCGACCCGGTGATGGAGGCGCGTTTGTCACTGTTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H GGTGCGACCCGGTGATGGAGGCGCGTTTGTCACTGTTG
710 720 730
10 20 30 40 50 60 70 80 90
AT4G09 ----------MGRSPCCEKAHTNKGAWTKEEDQRLVDYIRNHGEGCWRSLPKSAGLLRCGKSCRLRWINYLRPDLKRGNFTDDEDQIIIKLHSLLGNKWS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H MPTLYKKAGFMGRSPCCEKAHTNKGAWTKEEDQRLVDYIRNHGEGCWRSLPKSAGLLRCGKSCRLRWINYLRPDLKRGNFTDDEDQIIIKLHSLLGNKWS
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100
100 110 120 130 140 150 160 170 180 190
AT4G09 LIAGRLPGRTDNEIKNYWNTHIKRKLLSHGIDPQTHRQINESKTVSSQVVVPIQNDAVEYSFSNLAVKPKTENSSDNGASTSGTTTDEDLRQNGECYYSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H LIAGRLPGRTDNEIKNYWNTHIKRKLLSHGIDPQTHRQINESKTVSSQVVVPIQNDAVEYSFSNLAVKPKTENSSDNGASTSGTTTDEDLRQNGECYYSD
110 120 130 140 150 160 170 180 190 200
200 210 220 230
AT4G09 NSGHIKLNLDLTLGFGSWSGRIVGVGSSADSKPWCDPVMEARLSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
RE_02H NSGHIKLNLDLTLGFGSWSGRIVGVGSSADSKPWCDPVMEARLSLL
210 220 230 240
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