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| Input | Putative repression domain | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| AT1G04370.1 | not found | ||||
| Ortholog | Putative repression domain | Reverse top hit | Relation | Blast score ratio | Type |
| Pt034947 | not found in 138aa | AT3G23220.1 | 1st_not | 0.532994923 | II |
| Pt035968 | not found in 148aa | AT3G23230.1 | not_not | 0.522842639 | III |
| Pt042320 | not found in 138aa | AT3G23230.1 | not_not | 0.522842639 | III |
| Pt038866 | not found in 150aa | AT3G23220.1 | not_not | 0.512690355 | III |
| Pt041522 | not found in 148aa | AT3G23230.1 | not_not | 0.497461928 | III |
| Pt038177 | not found in 142aa | AT3G23230.1 | not_not | 0.492385786 | III |
| Pt000131 | not found in 143aa | AT3G23230.1 | not_not | 0.477157360 | III |
| Pt025866 | not found in 269aa | AT3G23240.1 | not_not | 0.456852791 | III |
| Pt018266 | not found in 239aa | AT5G47220.1 | not_not | 0.441624365 | III |
| Pt041336 | not found in 258aa | AT3G23240.1 | not_not | 0.441624365 | III |
| Pt002978 | not found in 228aa | AT3G23240.1 | not_not | 0.441624365 | III |
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| Pt039080 | not found in 226aa | AT3G23240.1 | not_not | 0.426395939 | III |
| Pt001567 | not found in 241aa | AT3G23240.1 | not_not | 0.421319796 | III |
| Pt009948 | not found in 288aa | AT5G51190.1 | not_not | 0.416243654 | III |
| Pt009956 | not found in 259aa | AT4G17500.1 | not_not | 0.416243654 | III |
| Pt032606 | not found in 287aa | AT5G51190.1 | not_not | 0.416243654 | III |
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| Pt016779 | not found in 227aa | AT2G44840.1 | not_not | 0.411167512 | III |
| Pt017293 | not found in 193aa | AT2G44840.1 | not_not | 0.406091370 | III |
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| Pt019967 | not found in 276aa | AT4G18450.1 | not_not | 0.401015228 | III |
Get sequence file
Get alignment file
Get formatted file made by BOXSHADE
Sequence file prepared (0 sec required). Alignment has started.
CLUSTAL format alignment by MAFFT FFT-NS-2 (v7.475)
AT1G04370.1 ------------------------------------------MD----------------
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pt032606_POPTR_ -----------------------------MASFD---HEASTLELIRQHLLTDF------
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pt002978_POPTR_ ------------------------------------------MESSLFYHDQ--------
pt042320_POPTR_ ------------------------------------------MD----------------
:.
AT1G04370.1 ------------------------------------------------------------
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pt017293_POPTR_ T---NARDF---------------------------------------------------
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pt032748_POPTR_ T---ASSCFNPASTN--SAMSAAAATTPATCTPVPVYC----RSTSFSSL----------
pt019967_POPTR_ I---SNSEQE----------------VSKSW-------------QDLPSLDRRDESMEA-
pt014882_POPTR_ -----NSQFS-----------------PES-------------SSSFNSLDSSSCN----
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pt032607_POPTR_ S---SSASFCQFSTN---------TEISTY---ETTGCCSQASTSDSSTA----------
pt009948_POPTR_ ------ASMDSLITN------------------LDDLC----STSSSCIT----------
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pt018266_POPTR_ -----SWLFS-CTI---QQLP------PKSHRIN---T----SQVPL-------------
pt032606_POPTR_ ------ASMDSFISN------------------LDDLC----STSTTSTT----------
pt025866_POPTR_ -----SCAFSPCKITGERYLPGANSSMPRAYKLKFKYK----SRAPFCTLQASSRNPKIP
pt002978_POPTR_ Y---LNSDFS-----------------PE---------------CSFGSLDSFSWD----
pt042320_POPTR_ ------------------------------------------------------------
AT1G04370.1 ------------------------------------------------------------
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pt032607_POPTR_ ---------------FPYFLDSPGPDFFVFSSDFSPAQDNKTNIFEFEAKPEIIDLLTPK
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pt032606_POPTR_ ---------------DDYYIKSEST--------------------EFD------------
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AT1G04370.1 ------------------------------------------------------------
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pt038866_POPTR_ ------------------------------------------------------------
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pt017293_POPTR_ PMSTC------PQMENS-----EGT-----------ASSFS-----GDH-----------
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pt032748_POPTR_ PL----------KVDDS-----EDMFLYGV---LSDAVTVG-----WVP-------SLKT
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pt001567_POPTR_ LF----------NSNDS-----EETLPS--------------------------------
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pt016779_POPTR_ LL----------KIDNS-----ARIVACDT----REPEPFNKQIQYWVP-----------
pt032607_POPTR_ PLDSTSHLNSQPSSSSS-SSNSSNLFEF------------------VKP-----------
pt009948_POPTR_ PFNQSEHPQPKLQSQSS----------------------IE-----SKP-----------
pt007967_POPTR_ PF----------NENDS-----QEMLLS--------------------------------
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pt032606_POPTR_ PFDQ---PQFKLQTQSS----------------------IE-----SKP-----------
pt025866_POPTR_ PF----------NENDS-----QDMVIY--------------------------------
pt002978_POPTR_ PF----------NTNDS-----EEMVLF--------------------------------
pt042320_POPTR_ ------------------------------------------------------------
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pt041336_POPTR_ ---------GLISEATQET---------------------------SKATSY--NGIIKE
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pt010969_POPTR_ -QIVSQRSNSFFYEEPK-PQVQTARKRSL--KISLPSKKPEWIQFSSNPNP---QTVEDN
pt038177_POPTR_ ------------YQGEKNTKK---------------------------------------
pt039080_POPTR_ --------NDLGADGAKES---------------------------SESNSS--SGI-KE
pt016236_POPTR_ --------SILSLQSNMTTTT--------------------------EEFPQ--TAVP-L
pt038866_POPTR_ -------------HPNIGKVN---------------------------------------
pt009956_POPTR_ TATITRTTSVVKAEP----GYE-------------PE---------PEAEPM--KLV-QE
pt035026_POPTR_ ---------ELISEATQET---------------------------SRTTFC--NGIVKE
pt009912_POPTR_ DQLVQPNFPLVKLEPTENLAVS-------------PP---------STAVPV--A-----
pt017293_POPTR_ --------DLL-FNDSMTSTTL----------------------AVVESEPQG-QGVPGV
pt034947_POPTR_ -------------E-DKTKSK---------------------------------------
pt032748_POPTR_ DQFIEPNLPAVKLEPSENLTIS-------------PP---------RTEAPI--A-----
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pt041522_POPTR_ -------------EPHKGKGN---------------------------------------
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pt000131_POPTR_ ------------HQGEKNTKK---------------------------------------
pt035968_POPTR_ -------------EPDKGKEK---------------------------------------
pt016779_POPTR_ ---------LNPIDSTITATA------------------------KIKNEPE--KNVPGA
pt032607_POPTR_ -QIISHPVNNFFYEESK-PRVEPTRKPSL--KISLPSRKSEWIQF-SNTNP---QPVDDN
pt009948_POPTR_ -Q-----------SSPKSPSTLSQRKPSMIKNIAIPPPAT------LNMTPQVVQPVVIK
pt007967_POPTR_ ---------GVPNEPPINS---------------------------FDTSSS--TNT-NY
pt018266_POPTR_ ---------HMISEISAPNSSS------------------------NNTLPR--SHI---
pt032606_POPTR_ -Q----------YSSPKSSTSLSQRKPSMIKDIAIPPPAT------LNMNPQVAQPVVNK
pt025866_POPTR_ ---------QMINEASAPNSST------------------------YNILPR--SQI---
pt002978_POPTR_ --------NALANGPPKES---------------------------SESNSS--SGI-KE
pt042320_POPTR_ -------------G-DRTKSK---------------------------------------
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pt012575_POPTR_ DEASSRANYQEEPPQEIAYRGVRRRPWGKYAAEIRDSTRKHVRVWLGTFDTAEAAALAYD
pt010969_POPTR_ S--------GVAAQEIRHYRGVRRRPWGKYAAEIRDPNRRGSRVWLGTFDTDLEAAKAYD
pt038177_POPTR_ ---------QEK-RRENAYRGIRRRPWGKFAAEIRDPTRNGTRRWLGTFDTAEEAARAYD
pt039080_POPTR_ EEVTSNAK-EEEPKKEKSYRGVRRRPWGKYAAEIRDSTRNGVRVWLGTFDSAEAAALAYD
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pt038866_POPTR_ ---------QKGE--EIRYRGVRRRPWGKFAAEIRDSTRHGARLWLGTFNTAEEAARAYD
pt009956_POPTR_ AGLNEAAVSKKVVAKGRHYRGVRQRPWGKFAAEIRDPAKNGARVWLGTYETAEEAGLAYD
pt035026_POPTR_ EEVSSVA--KRTPDKEKSYRGVRRRPWGKFAAEIRDSTRNGIRVWLGTFDSAEAAALAYD
pt009912_POPTR_ ----EPAV---LPSKGKHYRGVRQRPWGKFAAEIRDPAKNGARVWLGTFETAEDAALAYD
pt017293_POPTR_ DVACKSNLALP---KGSQYRGVRRRPWGKYAAEIRDPKKNGARMWLGTYETPEDAALAYD
pt034947_POPTR_ ---------DEGG--EVKYRGVRKRPWGKFAAEIRDSARQGARVWLGTFSTAEEAARAYD
pt032748_POPTR_ ----EPAV---VPSKGKHYRGVRQRPWGKFAAEIRDPAKNGARVWLGTFETAEDAALAYD
pt019967_POPTR_ ---------KVEKVTTRHYRGVRRRPWGKYAAEIRDSSRKGARVWLGTFETAEEAALAYD
pt014882_POPTR_ DEVSSRADYQGEQPREISYRGVRRRPWGKYAAEIRDSTRNGVRVWLGTFDTAEAAALAYD
pt041522_POPTR_ ---------EEKGRGEVRYRGVRRRPWGKFAAEIRDPSRQGGRLWLGTFDTAEEAARAYD
pt001567_POPTR_ KEAAPNAT-EENPGREKTYRGVRKRPWGKYAAEIRDSTRNGVRVWLGTFDTGETAALAYD
pt000131_POPTR_ ---------QEKGRGENAYRGIRRRPWGKFAAEIRDPTKNGARRWLGTYDTAEEAARAYD
pt035968_POPTR_ ---------ELKGREEVRYRGVRRRPWGKFAAEIRDPSRQGARLWLGTFDTAEEAARAYD
pt016779_POPTR_ S-------PTPAREKRNNYTGVRRRPWGKYAAEIRDPKKNGARVWLGTYETPEDAALAYD
pt032607_POPTR_ S--------GVAVEEKKHYRGVRHRPWGKYAAEIRDPNRRGSRVWLGTFDTALEAARAYD
pt009948_POPTR_ A--------DVSSEQERHYRGVRRRPWGKYAAEIRDPNKKGARVWLGTFDTAIEAAKAYD
pt007967_POPTR_ DEASSRANYQEEPPQEIAYRGVRRRPWGKYAAEIRDSTRKHVRVWLGTFDTAEAAALAYD
pt018266_POPTR_ -NTSGMLQPARTAVAKKHYRGVRRRPWGKYAAEIRDSRRRGARIWLGTFETAEEAALAYD
pt032606_POPTR_ T--------DLSSEQDRHYRGVRRRPWGKYAAEIRDPNKKGARVWLGTFDTAIEAAKAYD
pt025866_POPTR_ -NTSGMLQPARTVIAKKHYRGVRRRPWGKYAAEIRDSKRHGARIWLGTFETAEAAALAYD
pt002978_POPTR_ EEVTSNAKEEEEAKREKSYRGVRRRPWGKYAAEIRDSTRNGIRVWLGTFDSAEAAALAYD
pt042320_POPTR_ ---------DGGG--EVKYRGVRKRPWGKFAAEIRDSTRHGARVWLGTFNTAEEAARAYD
* *:*:*****:******. :. * ****:.: *. ***
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pt016236_POPTR_ RAAFKMRGSKAKLNFP-----------------HLIGSNNN--------------WEPTR
pt038866_POPTR_ GAAYSMKGPLAILNFPGEYPKTKVDSD--------ITS-SS-------------ISSSPL
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pt034947_POPTR_ RAAYAMRGHLAVLNFPNEYPNMAGNAS--------VGS-S---------------SSTPF
pt032748_POPTR_ RAAYRMRGSRALLNFPLR-----------------VNS-GE--------------PAPVR
pt019967_POPTR_ KAALRIRGPKTYLNFPLETVAKAMCIDCSKNDSNVLST-TNSQGNNT--SCTFPGSSDKV
pt014882_POPTR_ QAAFAMRGSMAVLNFPAQKVYESLKE---------TGY-GF-----------QEGQSPIL
pt041522_POPTR_ KAAFNLRRHLAILNFPSEYISQVTEFSPRP---RSFSA-S---------------SSNVG
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pt000131_POPTR_ RAAFAFRGHLAILNFPNEYQHQDPSSA--------MSF-A---------------SSSSF
pt035968_POPTR_ RAAFSMRGHLAILNFPNDYLSQAIGSSPRR---PPVSS-S---------------SSDVG
pt016779_POPTR_ DAAFKMRGAKAKLNFP-----------------HLIGF-SD--------------YQPVR
pt032607_POPTR_ RAAFKLRGSKAILNFPLEAGRCDVRA---------NEE-GERKRLREGDAEEREDVKRVM
pt009948_POPTR_ SAAFRLRGSKAILNFPLEAGKSNSQQP-----EQFLET-SSKKRKIEEIESSMESTGSVI
pt007967_POPTR_ QAAFTIRGSMAVLNFPVQKVYESLQQ---------MGY----------------------
pt018266_POPTR_ RAAFNMRGSKALLNFPAEVVAAATSAQNFQ---PILSS-TR-SSKN---ALDTSFSCRTI
pt032606_POPTR_ SAAFRLRGSKAILNFPLEAGKSNSQQP-----EQFLET-SCKKRKFEGIKSSVEGTNS-I
pt025866_POPTR_ RAAFNMRGSKALLNFPAEVV-AAISTQNCQ---PIFSS-TRTSSKK---AMDSCGSSSTI
pt002978_POPTR_ QAAFSMRGSMAVLNFPVEMVRESLQD---------MNY-RC-----------EDGCSPVV
pt042320_POPTR_ RAAYAMRGHLAILNFSNEYPNMAGSAS--------VGS-S---------------GSTPY
** :: : ***.
AT1G04370.1 A--NSSSS---------------------------------SQQVFEFE--------YLD
pt041336_POPTR_ A--LKRKH--SMRR-----KLGSRSKKES---------NVRIENVMVLE--------DLG
pt012575_POPTR_ A--MKKRH--SMNR-----KAESRKRKEKGT-------RIGMENVVVLE--------DLG
pt010969_POPTR_ T--VVKRE--EPET------------------------E----GDIPLTPSSWTAFWD-G
pt038177_POPTR_ S--TENPL--SYGN-----EVSSTN----------------GQEVIEFE--------YLD
pt039080_POPTR_ A--LKRRH--SVRR-----KSTSRKSKVNQV------ANTRQQNVVVLE--------DLG
pt016236_POPTR_ V--TSKKRS-SPEP-----S-----------------------SSISIS--------DYD
pt038866_POPTR_ S--SSSSS--SASS-----SSMSQNAERSGI--------GRGKEVFEIE--------YLD
pt009956_POPTR_ V--TTKRR--EPETGLPAVDSGSAKTRR-----------ILVANGDELERERGSKVFQVA
pt035026_POPTR_ A--LKRKY--SMRR-----KLGSRGKKER---------NARIENVVVLE--------DLG
pt009912_POPTR_ V--TSKRS--SPEPS-SSVDSGSPKRRKKVG-GTAGAATVVAKAGLEIGNGVGC---QVG
pt017293_POPTR_ L--SSKRR--SPEP--------------------------------ELV--------HDG
pt034947_POPTR_ S--SSGYP--GSSS-----SSSST-----------------QQEVFEFE--------CLD
pt032748_POPTR_ V--TSKRS--SPERS-SSVESASLK-RKKVG-GTAGTATVVPQAGLEMRNGVGC---QVG
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| pt009948_POPTR_ | T | N | K | V | A | K | R | E | S | S | S | P | E | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | E | V | K | A | A | A | T | E | P | L | T | P | S | S | W | K | G | F | W | D | - | - |
| pt007967_POPTR_ | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| pt032606_POPTR_ | T | N | K | V | V | K | R | E | T | S | S | P | E | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | E | V | K | A | V | A | S | G | P | L | T | P | S | S | W | K | G | F | W | D | - | - |
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