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| Input | Putative repression domain | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| AT1G16490.1 | not found | ||||
| Ortholog | Putative repression domain | Reverse top hit | Relation | Blast score ratio | Type |
| Os009371 | not found in 340aa | AT1G79180.1 | not_not | 0.450819672 | III |
| Os018685 | not found in 371aa | AT1G79180.1 | not_not | 0.424180327 | III |
| Os036343 | not found in 276aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.418032786 | III |
| Os008844 | not found in 258aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.407786885 | III |
| Sb014551 | not found in 376aa | AT1G79180.1 | not_not | 0.430327868 | III |
| Sb010751 | not found in 258aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.424180327 | III |
| Sb029619 | not found in 450aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.407786885 | III |
| Sb020839 | GAMDEELGLALAGPPS in 259/351 | AT3G23250.1 | not_not | 0.405737704 | III |
| Gm043201 | not found in 288aa | AT1G79180.1 | not_not | 0.497950819 | III |
| Gm026385 | not found in 264aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.409836065 | III |
| Gm028054 | not found in 275aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.407786885 | III |
| Gm055362 | not found in 272aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.407786885 | III |
| Gm002620 | not found in 264aa | AT1G06180.1 | not_not | 0.405737704 | III |
| Gm007227 | not found in 294aa | AT2G31180.1 | not_not | 0.403688524 | III |
| Gm052305 | not found in 272aa | AT2G31180.1 | not_not | 0.401639344 | III |
| Pt001892 | not found in 367aa | AT1G79180.1 | not_not | 0.467213114 | III |
| Pt001186 | not found in 273aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.411885245 | III |
| Pt042984 | not found in 287aa | AT3G23250.1 | not_not | 0.411885245 | III |
| Pt040508 | not found in 272aa | AT2G31180.1 | not_not | 0.407786885 | III |
Get sequence file
Get alignment file
Get formatted file made by BOXSHADE
Sequence file prepared (0 sec required). Alignment has started.
CLUSTAL format alignment by MAFFT FFT-NS-2 (v7.475)
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Os036343_Os10t0 -----------------------------------------MGRAPCC------------
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gm002620_Glyma0 -----------------------------------------MVRAPCC------------
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pt042984_POPTR_ -----------------------------------------MVRAPCC------------
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..
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Os036343_Os10t0 -----EKEGLRR--GAWSP---------------------EEDDRLVAYIRRH--GHPNW
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Os009371_Os02t0 -----AKVGLNR--GSWTP---------------------QEDMRLIAYIQKH--GHANW
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pt001186_POPTR_ -----EKMGLKK--GPWTA---------------------EEDQILINYIQLH--GHGNW
Sb014551_Sorbi1 -----AKVGLNK--GSWTP---------------------EEDMRLIAYIQKY--GHANW
gm007227_Glyma0 -----EKMGLKR--GPWTP---------------------EEDQILINYINTY--DHANW
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pt042984_POPTR_ -----EKMGLKR--GPWTP---------------------EEDQILISYVQKY--GHSNW
Sb020839_Sorbi1 PPGHQARQLLRRRGGPHRPPPPRARQQVVSDRGAAAGAHRQRDQERVAHPHQEAPGGRRR
: . * .*
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pt042984_POPTR_ RALPKQAGL-----QRCGKSC-------------------RLRWVNYLR-----------
Sb020839_Sorbi1 RGGQEEGGA-----QKQARRC-------------------RQEIIRRQEDRRRQRRGQQQ
* .. : : * * . :. .
AT1G16490.1 ------PDVK----------------RGNFSAEEE-------DTIIKLHQSFGN------
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gm043201_Glyma1 ------PDVK----------------RGNFTPEEE-------ETIIRLHKALGN------
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Os036343_Os10t0 ------PDIK----------------RGNFTADEE-------DLIVRLHNSLGN------
Sb029619_Sorbi1 HSE---PVVQVAVGANRRRAQRVVGLHGDVEALERHGQRLRPEGVVEL-ELLGV------
Os009371_Os02t0 ------PDLK----------------RGNFTADEE-------DTIIKLHGLLGN------
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Sb014551_Sorbi1 ------PDLK----------------RGNFTADEE-------ETIIKLHAMLGN------
gm007227_Glyma0 ------PDIK----------------RGNFTREEE-------DTIISLHEMLGN------
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gm052305_Glyma1 ------PDIK----------------RGNFTREEE-------DTIISLHEMLGN------
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Sb020839_Sorbi1 RAAAAVPDSV----------------AGAVEQREQR-----RDDVLHGHGLRGGRVVGRQ
* * . *. : :: *
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pt001892_POPTR_ ------------KWSKIASHFP-----GRTDNEIKNVWNTHLKKRLTLKDD------DER
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Sb029619_Sorbi1 ------------RGGGGEALLLDGEPAGRAPRVALLLLLLRHGRRLGHRRRGRRPFRRHR
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pt042984_POPTR_ ------------RWSAIASRLP-----GRTDNEIKNVWHTHLLKRLKQNGE------PKS
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: . : *: . :*:
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gm043201_Glyma1 ------------------------------------------------------------
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Os036343_Os10t0 ----------------------------RKLAAAGG------------------------
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Os009371_Os02t0 KGKAADASDDA-------------DAHSPSSSASSS---------TTTAANNNNSGDTAG
pt040508_POPTR_ ----------------------------PEINGRSV------------------------
pt001186_POPTR_ ----------------------------PEIKGRSV------------------------
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Sb010751_Sorbi1 --APKRKPKKQQQQPE------------------------------TTAVTALEGPTTGA
Os008844_Os02t0 --REAAAPKRKATKKA------------------------------AAVAVAIDVPTT--
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Sb029619_Sorbi1 --GGGLQPLLEVRVPDV------------------LDLVV--------------------
Os009371_Os02t0 E-QCGTSKEP----ENVDVSFFEQ----DIDIS---DMLVD---APT-EAPLV----AAP
pt040508_POPTR_ --DVSRFNHELKTGPEI---------------------------VSSSNVVAAGCDQSKE
pt001186_POPTR_ --DISRFDHELNTDQEL---------------------------LDSSN-LAAGSDQTEE
Sb014551_Sorbi1 EQQSNTSKEEPDD-DELDLENLEMMRMLDDPITFGFDMLVDPVPPPAPYGPAV------S
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pt042984_POPTR_ --NDNKLSQSAN-----------------------------------STIPSLSGCKSIE
Sb020839_Sorbi1 ------------------------------------------------------------
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Sb029619_Sorbi1 -LLVEGDDGVLFLLAEVAALDVRAQVVDPPEPA--ALAAPQQPGLLGQRAPVAVAEALDV
Os009371_Os02t0 -----------------------------------LLDLPE----------------I-D
pt040508_POPTR_ ------NDMCT-----------KVAESDD----------------------------FLE
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gm052305_Glyma1 --INNNHDMSL-----------NVNDYDI--------DTPE---------------NNLA
pt042984_POPTR_ ---ETNNTGLI-----------KVENIDS-------SEI------------------YPV
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Os008844_Os02t0 IDDSF------WSETLAMTVDST-DSG-M--------------EMS-GGDPLGAG-----
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gm055362_Glyma2 IDESF------WSEAA-----IDDETPTMS-SQSLITISNDM-PLQYPFANYEET-----
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Sb029619_Sorbi1 VDQDLVLLGRPWPLLEPH----------LL-------------AARSPPHYLVLLDLLLR
Os009371_Os02t0 IEPDI------WS---------------IIDGYGGDEPG--DGDATVPC-----------
pt040508_POPTR_ MDEIF------WSEVL-----SADNSS-MM---SDYSAISTEPQLQFPFSPLIID-----
pt001186_POPTR_ MDESF------WSEVL-----SADNSR-IV---SDFSAIGTEPQLQFPFSPLVIE-----
Sb014551_Sorbi1 IDHEL------WS---------------IID---GDACTVADAEAPAPCCQLSNA-----
gm007227_Glyma0 LDEDF------WSEVL-----SSDNSGETT---SGFPTIDYD-HQFLPMSPLMTE-----
gm028054_Glyma1 IDESF------WSEAA-----IDDETPTMS-SSQSLTISNEM-RLQYPFANYEET-----
gm002620_Glyma0 IDESF------WSEAT-----VDYESSTMM-TSNSWTISNELAPPQYQF-NSVES-----
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Sb020839_Sorbi1 -------------------V--------VVHEGRGHGVLAQD------------------
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pt001892_POPTR_ ------CQISK-FGD-AYNIGEVDQN-KKWLRYLENELGL-----DVTKDE---------
Sb010751_Sorbi1 -------SSVT-----STND---DDM-DFWLK----------------------------
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Os009371_Os02t0 -----------------TASPGEEGA-EWWVENLEKELGLWGPMDES-LAH------P-D
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pt001186_POPTR_ ------VEQVY-----ATNSNMYDST-EYWHD----------------------------
Sb014551_Sorbi1 ------SQPPNGG-ANTSSHGAEEGK-EWWLEDLERELGLWGPVEEYQYQY------PMG
gm007227_Glyma0 --EGVLIDASS-----SSVCD--DGM-DFWCN----------------------------
gm028054_Glyma1 ------FQQGH-HAY-DSNFD--DGM-DFWYD----------------------------
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gm052305_Glyma1 RWHGFLVQC---------------------------------------------------
pt042984_POPTR_ ------MERAGCYGY-GPKVD--DNM-EFWYN----------------------------
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