Input
| Putative repression domain
|
|
AT3G15270.1 |
not found |
|
Ortholog
| Putative repression domain
| Reverse top hit
| Relation
| Blast score ratio
| Type
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Gm041507 |
not found in 138aa |
AT2G33810.1 |
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III |
Gm033819 |
not found in 185aa |
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0.445614035 |
III |
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not found in 146aa |
AT2G33810.1 |
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III |
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not found in 359aa |
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0.438596491 |
III |
Gm036360 |
not found in 142aa |
AT2G33810.1 |
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III |
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not found in 1019aa |
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III |
Gm016104 |
not found in 173aa |
AT1G53160.1 |
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0.428070175 |
III |
Gm053471 |
not found in 1009aa |
AT1G20980.1 |
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0.428070175 |
III |
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NEEGGTLSLKLGGHAS in 119/687 |
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III |
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III |
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NDGAGSLNLNLGGQVY in 113/1032 |
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III |
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not found in 333aa |
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0.403508771 |
III |
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AT1G27370.4 |
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0.4 |
III |
Get sequence file
Get alignment file
Get formatted file made by BOXSHADE
Sequence file prepared (0 sec required). Alignment has started.
CLUSTAL format alignment by MAFFT FFT-NS-2 (v7.475)
AT3G15270.1 ------------------------------------------------------------
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gm041507_Glyma1 EE---EEE----VSE----YRDDGRKKKVV-----SSKR---GSKA--GGSVPPS--CQV
gm033819_Glyma1 -E---EDESGVNITE---------EEKKIGVSSG-GGRR---GSSGGGGGVSPPS--CQA
AT3G15270.1 DRCTVNLTEAKQYYRRHRVCEVHAKASAATVAGVRQRFCQQCS--------RFHELPEFD
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gm052112_Glyma1 EGCKVDLSDAKAYYSRHKVCGMHSKSPSVIVAGLQQRFCQQCS--------RFHQLPEFD
gm002653_Glyma0 EDCSADLSKAKDYHRRHKVCEMHSKASRALVGNAMQRFCQQCS--------RFHLLQEFD
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gm018912_Glyma0 DNCDADLSEAKQYHRRHKVCEYHAKAPSVHMAGLQQRFCQQCS--------RFHELSEFD
gm024422_Glyma0 EDCRADLSNAKDYHRRHKVCDMHSKATQALVGNVMQRFCQQCS--------RFHVLQEFD
gm016104_Glyma0 ERCGADLTDAKRYHRRHKVCEFHSKAPVVVVAGLRQRFCQQCS--------RFHDLAEFD
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gm041507_Glyma1 DGCSADLSEAKPYHRRHKVCEYHAKAPAVLIGDQHQRFCQQCS--------RFHELSEFD
gm033819_Glyma1 ERCGADLTDAKRYHRRHKVCEFHSKAPVVVVAGLRQRFCQQCS--------RFHDLAEFD
* * .* *: **:** *:*:. . : . ******** *** : ***
AT3G15270.1 EAKRSCRRRLAGHNERRRK-----------------------------------------
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:.***** ******.****
AT3G15270.1 ------------------------------------------------------------
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AT3G15270.1 ------------------------------------------------------------
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AT3G15270.1 ------------------------------------------------------------
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gm018912_Glyma0 ------------------------------------------------------------
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AT3G15270.1 ------------------------------------------------------------
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gm052112_Glyma1 SETSSDLFLQ--GSVGGTSFASPGHPPGES------------------------------
gm002653_Glyma0 SPTDMESYIR-PGCIVLTIYLRQAEALWEELCYDLTSSLNRLLDVSDDTFWRNGWVHIRV
gm053471_Glyma2 RPSDMESYIR-PGCVVLSIYASMSSADWEKLEENFLQHVHSLIQNSDSDFWRNGRFLVHS
gm018912_Glyma0 --NAVDYHGE--------------------------------------------------
gm024422_Glyma0 SPTEIESYIR-PGCIILTIYLRLENSAWEELCYNLESSL-RKLAAPNDSFWRTGWIYTRV
gm016104_Glyma0 --SNPEASNE--GST---------------------------------------------
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.
AT3G15270.1 ------------------------------------------------------------
gm007026_Glyma0 -------YTGVTTSSCALSLLSNQTWGSRNPAPSLGL---NNMVNFHGTPMTQPA-----
gm018555_Glyma0 GSRLVSHKDGKIRI--CKPWRTWKSPELISVSPLAIVSGQETSISLKGRNLSTLGTKIHC
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gm042639_Glyma1 QHSVAFLYNGQVVLDAPLRLKSPQSCQILCVKPLAVSASSCAQFVLKGFNFLLSNSRLLC
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BoxShade v3.31 C (beta, 970507) Output
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gm007026_Glyma0 |
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gm018555_Glyma0 |
G |
S |
V |
A |
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W |
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L |
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Y |
G |
T |
M |
gm036360_Glyma1 |
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gm000900_Glyma0 |
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gm052112_Glyma1 |
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gm002653_Glyma0 |
I |
C |
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R |
P |
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R |
W |
E |
N |
L |
D |
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T |
S |
gm053471_Glyma2 |
G |
S |
V |
A |
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P |
F |
S |
W |
E |
N |
L |
D |
Y |
G |
T |
M |
gm018912_Glyma0 |
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gm024422_Glyma0 |
Y |
Y |
V |
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Q |
P |
F |
S |
W |
E |
S |
L |
E |
Y |
G |
S |
I |
gm016104_Glyma0 |
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gm004368_Glyma0 |
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gm026414_Glyma1 |
L |
S |
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gm042639_Glyma1 |
Y |
Y |
V |
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P |
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W |
E |
S |
L |
E |
Y |
G |
S |
I |
gm042640_Glyma1 |
Y |
Y |
V |
F |
Q |
P |
F |
S |
W |
E |
S |
L |
E |
Y |
G |
S |
I |
gm041507_Glyma1 |
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gm033819_Glyma1 |
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