fioreDB : Database for Flower Bio-engineering by CRES-T system
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Locus Common name Short description
AT1G09530 PIF3, POC1, PAP3 PHOTOCURRENT 1, PHYTOCHROME-ASSOCIATED PROTEIN 3, phytochrome interacting factor 3 (.1.2)

>AT1G09530.2 genomic map

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Uncut enzymes: ApaI, AscI, BamHI, KpnI, NotI, SalI, SmaI, XhoI
Name Recognition sequence Cut positions
BglII A|GATCT 510, 3520, 5234
EcoRI G|AATTC 4575
EcoRV GAT|ATC 1914, 2134, 4838
HindIII A|AGCTT 4670, 6268
HpaI GTT|AAC 6555
NcoI C|CATGG 5007
NdeI CA|TATG 187, 1025, 1076, 1792
NheI G|CTAGC 496
PacI TTAAT|TAA 1993, 2213, 8440
PstI CTGCA|G 5843
PvuII CAG|CTG 6478
SacI GAGCT|C 7414
SpeI A|CTAGT 3433, 5295, 7121
StyI C|C[AT][AT]GG 5007, 7998
XbaI T|CTAGA 2678, 4899, 6345


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>AT1G09530 genomic sequence (4634-4704,4796-5675,5764-5871,5963-6028,6261-6326,6402-6785,) length:8457
agttcattgt attttgcata atatacgtat atacattaca tacataccga 
50
ttcttgttcg atatattgtt tctggtcaac attttgcacc aaattaagga 
100
aaagacaaac aaaagcattt tgcaccaaaa ggaaacgcat tattttcttc 
150
tatattgttc atatagaata tgccagattg taatagcata tgtcacatgt 
200
gtcacatctc ttgtgccctc aaaaatcacc acgtgtatcg actcatcatc 
250
tatcaccatc gtcgagaata atttacctgc tgatcatgat catcttctcc 
300
aacaaatttg cttttgtgtt gacgtaaagt gacgttttga taatatatat 
350
agcaaatgta tctgaccttt taaattgtgg aagggccagt tctaagaaaa 
400
gaaagaaaaa aaatgagcta gggttctctt tcctaagttg ttcatgataa 
450
tgaggtaaaa gattaatgcc agtataaact tctggcacgt ggtcggctag 
500
ctaaagatca gatcttttat ttttgtagag aatgtagagt aagtgatcaa 
550
aaacctgttg ttggcctatt ccacggcgga ttgagagaat tgtgcgggga 
600
cagggtcttg tcattttatt tgagttttgg cctaacatat agcaactaga 
650
tcataacccg tatatagcac ggacattaat attttatata aattaaattg 
700
tatactttgt tatgtttgct atgtttgtta aaattatttg ttatatttgt 
750
caaactttag taaaatatat ttaaattaaa ttaaatttat taaaacttaa 
800
taaatttaaa agtttttttt gtttggagac gcactattta catacaaaat 
850
atccgtttct attttttgag tacttttagg gcctgaaact ttttatccaa 
900
actgacctaa acccaactgg acgcgacccg aaccgaatat ttagaattat 
950
tctattaaat agtaaatcat atacccatta atcccaaacc cgaacgggtt 
1000
ctacatgaac tcgaatgggt tactcatatg tccagcccta ttctctgatt 
1050
taattatcta aaaaatccca ataaacatat gttttggtga gtacttttta 
1100
ttcaaaaaaa tttacatcct cttctgccaa aatcatttca taagacatcc 
1150
caaaatcttt ggaataatga ttccatgaat gaagaatcct aatttgaata 
1200
taccaagagg ttttgaaagg ttttaagttt ttgataggtg tgtatgtgag 
1250
aaggtacatc catcgtgatg gtaatctgct tatttataat tttaacttgc 
1300
attatacagc agataggctt atattttagt taaactaaaa acttttattg 
1350
taaaattgat tataaatata tgatattatt ttatttgatt ttaaatgtat 
1400
agaaactacg agttgtatat gttttgttga tattatttat attgtttagt 
1450
gtttaaaatt atatacttgt attttgattg ttaattttag agtttcacat 
1500
gtagtatacc atcttgtatt aatattgatt taaacccgtc aattgtagga 
1550
tttttcagct tgtattaaaa attgaatcac atcatacaca ttaaaaaatc 
1600
taatatgtta ttaattattg tagtatataa gattataaat tttaaaataa 
1650
tatgtatgaa attgaatata aatattcaaa ttatgacaca gtactcagta 
1700
attttttttc ttaaatctac ttttgacccg ttatagtatt tttttcatgt 
1750
actgaacaat ttatattcgt ttttaaaaat tcaaattgtg gcatatgcga 
1800
aaaaactcta attatttttt tataacgatg atattatttt ttcgcaaaaa 
1850
tagaatcata taaagatgag aggtgaatta taataattaa taaaaaatta 
1900
atatgataat attgatatca aatctaattt gttgatttta attggttact 
1950
tttttggaaa ttaataatgt atttcgtttt tgagttaaat ttaattaatt 
2000
aaattagtat ttgacttttt aatttttaaa gaaatgaatt aatttactct 
2050
ttaaaatttt atttctaatg gcatacgtat gtaattactt acaaaaaata 
2100
aggttacatt ttaaaaatta atatgataat ttagatatca aatctaattt 
2150
gttgatttta attggttact tttctggaaa ttaataatgt atttcgtttt 
2200
tgagttaaat ttaattaatt aaattagtat ttgactcttt aatttttaaa 
2250
gaaatgaatt aatttactct ttaaaatttt atttctaatg gcatacctat 
2300
ataattactt acaaaaaaga agattatatt tcaaatgtac ttcccaaata 
2350
atatagtagg atcacttcca ttccgagttt tcttctttct ttgatatata 
2400
tatctactta tttatttact cggtttgatt ttataataaa tttgtttata 
2450
attattttct gaacaagaga tggccataaa atacagtgat gaaatcaata 
2500
atggtccatg caaatgtact caaattatcc acttggaaag tttatagtat 
2550
acaatgggtt gttacgtatt ttagaatcta atttgcatgg cgatttaatt 
2600
gacatttcat catcaaccga gctataacga gagataaacc agaagatgca 
2650
acgttcgtga acaaactcga ctgatattct agatggtttt atttattttt 
2700
tacttataga aaggaacaaa ttagatttaa agataatatg ctctaatcta 
2750
agagtttgga accactatac cacatactat atcccatgat taaaaaaaat 
2800
ctcaattatt atagcgcaaa tgattggttt tcatcagtta atagaacttg 
2850
ctgagtgagt ccccaaattt gaggatgatt agtaatttag tatcgtaaag 
2900
actaaaaaag acttaagaaa aatagtaatg attagagaag tcaaaccttt 
2950
aataattaag atagataaag agagacaagg ttgctcaacc ccacttggag 
3000
tgtgatgctt ttttggcagt gttcctttat gataacacat ctcttcacac 
3050
acaactttag tgtatcacag gcccatgtca ctttaagata agataacata 
3100
ttctagtata tgattatttt catatttgta agtgtattaa attattcata 
3150
gacacaccat gaattaattg taataatgcg aaggacctgt atcatgtaac 
3200
agagacagac gaagtgtgca gaggtcggtg agaagcaatt tggtcaccat 
3250
gctccaactc tcttctctag gtcccttttg ctttaatttt ctcgtttaat 
3300
aacaatatct tatgaaagca gttaccatat caattgaagg attgtataat 
3350
accgtaattt atttatatat agtacatcta attaaacatt aattatttct 
3400
actaatagcc taaaaccact actaatacaa caactagtac ttgtttacga 
3450
taattattaa acttgtctcg atacctacaa catgcccaaa aaagtaatca 
3500
atactttgtt taatcacaaa gatctcagtg agatggttct atagatagta 
3550
tttctgattt gttagtatat tagagaattg accatctatt aaaataagag 
3600
aatgaacact atttgataaa acaatacata cgcaattatc attgtcttta 
3650
atttttatca aagtaatcat acgatcgact atttgtatgc aaaaattcat 
3700
cattttattt gcaaaaaaaa acaaacaaac atggtagaat tgtatttggt 
3750
gtgtgtttta acaaattgtt gcaatgttta gtgcaacata tataatccac 
3800
tatatataat cattgacata attaatattt gattatatga agcaatttct 
3850
ctttaattat gtgtttataa atatagggag aaaagaaaaa tagagagaaa 
3900
ggtaaagagt agagctaatg attcgggcga cgctaaaagg ttgaatgttc 
3950
gagagaaacg gagtctcaga gactgtgaaa acaaaaaatc aaaatcctca 
4000
gttacagacg atttggtccc ctctcttctc tctctgcgtc cgtcttgtgc 
4050
gtcgatttgt ctccatctcc ttctctctcc gcctactttc tcaggactac 
4100
tccaattcgc cgactttttc tcctctgttc tctgcatttg gattgatgcc 
4150
actttaatac tttgaggttc tcactctctc tttctctctt cgctgacttc 
4200
gattgcttca gtaccctttt tctcaggtca gctacgatga tagctttatt 
4250
cagacaagaa gatcaaagtt ttgatctttt tgttttggtt ttcttaagag 
4300
atggttaatt aggtcttgag tgcgctgttt tgaatcgttc ttcagtgtga 
4350
ttaaacaatt ggttttgatt tgactaatca tgttgccatt aaactaagtg 
4400
aaaatctctg ctttttttat attgcatatt gatgattgag acattgattt 
4450
cttttctatt tctttatttc ccagtttcta atttgggaac tgaaaagttt 
4500
tctaatttaa gcattacaaa gtgtacaatt tttgtttctg gcaagttttt 
4550
cttggcctaa ttcgtctatt ttatgaattc acctttttag gatcaagact 
4600
tcgtaaaaga ttgtttctgt aaaacgcaac accATGCCTC TGTTTGAGCT 
4650
TTTCAGGCTC ACCAAAGCTA AGCTTGAATC TGCTCAAGAC AGGAACCCTT 
4700
CTCCgtgagt cccattcact tgtctctctt taagtctgcc ttgtttcaag 
4750
ttcatcaaat tcatgtgttt ttttgttgtg tgtgaaaaat aacagACCTG 
4800
TAGATGAAGT TGTGGAGCTG GTGTGGGAAA ATGGTCAGAT ATCAACTCAA 
4850
AGTCAGTCAA GTAGATCGAG GAACATTCCT CCACCACAAG CAAACTCTTC 
4900
TAGAGCTAGA GAGATTGGAA ATGGCTCAAA GACGACTATG GTGGACGAGA 
4950
TCCCTATGTC AGTGCCATCA CTAATGACGG GTTTGAGTCA AGACGATGAC 
5000
TTTGTTCCAT GGTTGAATCA TCATCCCTCC CTTGATGGAT ATTGCTCTGA 
5050
TTTCTTGCGT GATGTGTCGT CTCCTGTTAC TGTCAACGAG CAAGAGAGTG 
5100
ATATGGCGGT AAACCAAACT GCTTTCCCGT TGTTTCAGAG AAGAAAGGAT 
5150
GGCAATGAAT CAGCTCCTGC TGCTTCTTCG TCGCAGTATA ACGGTTTCCA 
5200
ATCGCATTCT CTGTATGGAA GTGATAGAGC TAGAGATCTT CCTAGCCAAC 
5250
AAACCAATCC GGATCGGTTT ACTCAGACGC AGGAACCACT AATTACTAGT 
5300
AACAAGCCTA GTTTGGTCAA CTTTTCACAT TTCTTACGCC CTGCAACTTT 
5350
TGCGAAGACT ACTAATAATA ACCTTCATGA CACTAAAGAA AAGAGTCCTC 
5400
AAAGCCCGCC AAATGTGTTT CAGACCAGAG TTCTTGGAGC TAAAGACTCT 
5450
GAAGATAAGG TTCTTAACGA GTCTGTTGCT TCTGCTACGC CTAAAGATAA 
5500
CCAAAAGGCT TGCCTAATAT CAGAGGACTC ATGTAGAAAA GACCAAGAGA 
5550
GTGAAAAAGC AGTTGTATGT TCTTCTGTTG GCTCGGGTAA TAGTCTCGAT 
5600
GGCCCATCCG AAAGTCCTTC ACTTTCTTTA AAGAGAAAGC ATTCGAATAT 
5650
TCAAGACATT GACTGTCATA GTGAAgtgag ttaaactcat gtcattttat 
5700
gcacattaca atttcgtttc tttgttgttt tcttcagttt ttttattgaa 
5750
tattgttgag cagGATGTGG AAGAAGAATC AGGAGATGGA AGAAAGGAAG 
5800
CAGGTCCATC TCGAACGGGT TTGGGTTCAA AGAGAAGCCG CTCTGCAGAA 
5850
GTGCATAATC TGTCTGAAAG Ggtgagtgag tgaagcccct aaagggtttt 
5900
tgtccattct caaactcaca aaagattgct atatttggta acttactgtc 
5950
ctcaattttc agAGACGGCG TGATAGGATC AACGAGAAGA TGCGTGCCCT 
6000
GCAAGAACTC ATTCCAAACT GTAACAAGgt cagcttcttc tcctttacaa 
6050
ataccattca tgattcattt ttgtttgaaa gataaggagc aatgccaaat 
6100
aaactaaaac ttgcatctta gaacgaattg ctaaaggttt ttgattggtt 
6150
tccgtattta ttaaaccgga aaaacaattg aaaccatatt gtaagcaaga 
6200
ttgttcaagc cgagaatttt cgtatttaat cagcttttgt aacatttata 
6250
tggtttaaag GTGGACAAAG CTTCGATGCT AGATGAAGCC ATCGAGTATC 
6300
TCAAGTCACT CCAACTTCAA GTGCAGgtaa cactctcatt actctctaga 
6350
gtcgataaaa atcgtgcaaa ctaataatct aaacacaata atcgccaaca 
6400
gATCATGTCA ATGGCGTCTG GTTACTATCT GCCACCGGCG GTTATGTTCC 
6450
CACCGGGTAT GGGGCATTAC CCGGCAGCAG CTGCTGCAAT GGCAATGGGT 
6500
ATGGGAATGC CTTATGCAAT GGGCTTGCCT GATTTGAGCC GTGGTGGTTC 
6550
ATCGGTTAAC CACGGACCAC AGTTCCAAGT CTCGGGGATG CAACAACAAC 
6600
CAGTGGCGAT GGGTATTCCA CGTGTCTCTG GTGGTGGTAT CTTTGCCGGT 
6650
TCTTCGACGA TTGGCAATGG CTCGACTAGA GATTTATCTG GTTCTAAAGA 
6700
TCAAACAACG ACGAATAACA ACAGTAACTT GAAACCAATA AAGAGAAAAC 
6750
AGGGGTCTTC TGATCAGTTT TGTGGATCGT CGTGAcataa atacaaactt 
6800
atgaactgat gtattgttta tttgtagcat tcaaacaaat ctattttata 
6850
atcctaaaca aaattaattt gtgttcgtta taacagtgaa gagctttgtg 
6900
cttattggtg ggttctgttc tgtttcttgt tttgaattaa aaaatgtttt 
6950
taatattttc aaaggttttg ttcccttttt aatgtagcgt ggggttcact 
7000
atatagatgg acctggttaa acaagcgtga tgggcttctc agcccatttt 
7050
gttaaataac ttaattatga cattttcttt cgatttcctt ttttttcttt 
7100
ttttgggcca ggactattga actagtgaag ctgaatatat acccacgcga 
7150
aaattgaaat tattggaagt tttttttttt tttttttttt gttggaacct 
7200
atagggtgta tataagttac atgatacacg gtgtttgagc gcatcactta 
7250
gcttgatatg tagtttatgt tatacgtagt aagtgattcg ctcacgcatg 
7300
actgttacgt tttctttaac aaaaagaaag ggaatcgatg gttagggtta 
7350
ggtcaacgat cggaggagtt gagctagagc ctagagaacc atagtttgga 
7400
agagggcaaa tgtgagctcc tgatttgttt ctcggatgct ggaagctata 
7450
tatatgtcca tgattgtatc gattgggagt tttgtcgaaa gtaaaaaatt 
7500
tcttcctcaa ttctttagga agtttgttac tttgttttat gttcacaaaa 
7550
cgttgtcaac ttctcgtaga tgcttgtttc tatagttaga gatgttttat 
7600
atacccagcc tgccagccag cgagcagact tttattaata gtttccccta 
7650
tatataggct atatagcttt agcgtaaact taagttctgt gtggtaaatc 
7700
gcgtcttcac aaacattttt gcaccaaaga cttcttaaaa gtaatatata 
7750
gaagagaaat ttagatgatt ctgtcctcgt ttaaattgat gagacttatt 
7800
aaacttaagt aatgcataat aaataaaaca ttaaaacctt tagtactgaa 
7850
aaaggtagtc tatatagtgg aaagcagaga agaacaaaaa agggtttata 
7900
cttccattta gattttgtat cttctaatgg aggtggatta gacagctcta 
7950
actaattacg aaagacaaca agcagtagaa aatggacacg tcgaacacct 
8000
agggagacaa attaatgaat tacacgaggt ttagatcgaa acttgaaata 
8050
gaagaaaatg gtgttaatgt ggcaaagcaa aagaaaagtt aaacatcatt 
8100
ttgcttttgg ctacattaat atatcaagat tacctatgat tatgtctctt 
8150
cttctctcct ttcttaccag ttagattggg ccatattaga gagaaattca 
8200
accatacaag ccctcttttc tcacttttaa tcaaatctgt aatattattt 
8250
gccttctttt ctaagtttga tatttttctc gaccacaaaa tcacaaaaca 
8300
caaatcaaat gatcagtttt ggaaaagcaa atgaggcaag caattagtaa 
8350
aaatagcata accacttggg tgtttaattt ttttccgtat aatccaaaag 
8400
tattttttca gtagaactac aacataaaat aaaggactta attaacaagt 
8450
atataat
8500