fioreDB : Database for Flower Bio-engineering by CRES-T system
fioreDB : Database for Flower Bio-engineering by CRES-T system

Locus Common name Short description
AT5G53210 SPCH, bHLH098 SPEECHLESS, basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein (.1)

>AT5G53210.1 genomic map

>>Show CDS map




Uncut enzymes: ApaI, AscI, HpaI, KpnI, NcoI, NheI, NotI, SacI
Name Recognition sequence Cut positions
BamHI G|GATCC 2087, 2978
BglII A|GATCT 1182, 2749, 6065
EcoRI G|AATTC 2935
EcoRV GAT|ATC 4108, 7344, 7380
HindIII A|AGCTT 338, 7125, 7594
NdeI CA|TATG 727, 6654
PacI TTAAT|TAA 390, 3017
PstI CTGCA|G 1854
PvuII CAG|CTG 100, 4119
SalI G|TCGAC 4043, 5307
SmaI CCC|GGG 5231
SpeI A|CTAGT 4426
StyI C|C[AT][AT]GG 2083, 4155
XbaI T|CTAGA 502, 1337
XhoI C|TCGAG 6125


Click here to view TAIR data

>AT5G53210 genomic sequence (4001-4399,4713-5342,6271-6336,) length:7835
taggtgtagc atttagccat ttagggcata ctgtgtttcg gtccccaatg 
50
cgactcctat tgtcaaaatt cacaactacg tgaatcgtcc ccatacaaac 
100
agctgcacac atgcaaaatt gtaaatgttg tgatctacgt aatgttctta 
150
tgcgttcata tatagatgat agacttaaca ggtgataacg aacgctcata 
200
ttgtgttata attattattt tctatatgaa tgtaaatttc atcagggaat 
250
gagaaagttt tgtaaggatt tataaaattg actttacccg atatatgtgt 
300
tatttgatgc gctatatgtg tttgctattt ttaacccaag cttgattaat 
350
cgaaaaataa gaagtgttat ttgagtgcta cgagacgtta attaattcga 
400
gtctagtgct acattggaga atgaataatt tacggcgata aaattttatt 
450
aagtttttca agagtaaaaa aaaaaatctg aatttggtag tgttggatat 
500
atctagaaag actacattgc caaagaccgt tacatccttg ctaacaaaag 
550
agaaggaaaa aaattgttta cgcgaaacgg aagtgtttag cttctttctt 
600
gtatataaaa aacagtgtat tacttttagc aaaacctcaa acttatctcc 
650
taatttgtat ctcttcaatg aattatcgaa tgagtaagtg acgacgatca 
700
cactaacaga aatcttaatt ctcgaccata tggaatttaa attctattct 
750
actgcgacca cttattgggt ttgatgatag ctagatgcct agattacata 
800
gaaaaaaaga gagaaagaga gcttaaatta ttccatttta taaaatgttt 
850
tagaaatcaa caaataaaaa ataatgtaaa actttattta acttgatgtg 
900
ttatgatcat ttgtattgtg caaagtattt tattattgat taaattactt 
950
ttacttatat attatatagt ttttaatgta acaaaaatct aaaatttatg 
1000
tcatttcttg atctccattt ttatctaaag catcttatac atcaaaacaa 
1050
aagaagtata atttatgtta tttcttaatc tatatgttcc tagaaaaaac 
1100
aactatgaat caaaatagaa ggaagtacta taaattgtgt gatccaaaaa 
1150
tcgagtgcga gtaattttgg aagccatatt gagatctaca caggatttaa 
1200
atcttaggaa ccgagcttga gttggtgcta cgtttaaaaa gagattcatc 
1250
tgtcaaaagc atgtcgtggt ctcacgataa tcggatatat gtacatcagt 
1300
acatgctaat agttcataac ttcaccaccg tgaccatcta gaatccccaa 
1350
ctaaaatatc caactataat ttaaaaataa atttgaaagt atatcctata 
1400
aacgttttac aaaaccaaaa ccgaaacaag atcatcactg cgataaggag 
1450
atgttgtgta tatatatgct tatactccat catacatgca tccatgattt 
1500
cacatacata tacatgatgc atgtggatga atgaagaatt gtagaatctc 
1550
gggcacggag aaggcgtgtc cggtcattga aagccgccca ccatctttat 
1600
tatatttgtt tccgaagtac tgatctttct gctcaacttg cagattttga 
1650
tttctgcgca acttgcaact ttctcattct cagttttttt ctctgaataa 
1700
ttgcttcaaa agtcaattat tattgttatt ataaaaaggc aataaatttc 
1750
agagtagtca tatattcatt cttttagtct gtcgagtttt tgtttgtttg 
1800
tttttgatta gtaatcatcg gaaccaactc atgacacgac ttcttaatcg 
1850
agactgcagg aagaatataa tcaacgtttt gttatgtcat ataaataaaa 
1900
tgaatttatg tcaatctctt ttttgttgtt gtagtaatgt aacgggcaac 
1950
agtgttatag aaatgtagat tttgatttgc gaaataaata gagcaagaca 
2000
aaactgtacg aaaattgaaa acatgtcata gtctccataa aagggtatct 
2050
atatatccgt atatatatga aattgaataa taccttggat ccgagtcata 
2100
tcaaattaat atcctgcatg catgaataat taaactttag ttacattact 
2150
atgtccgcta aatcaaaatc actgacaaat atcttgttta ttttgtacag 
2200
tgtaataagt ttgtccgggt tggttaaaat cgaaaattga attgggattc 
2250
ttaaaatcta ttttgtttta agatcagttt ggtgtttgac aaaaaagaag 
2300
aagatcagtt tggaatgtgt cacataagaa catgtaatta aaagtaattt 
2350
tcatcattat ataagcattg cattaagaaa aacatagttt tttctaattg 
2400
ctgatgtttc attaatttgg gctagaaaca aagcataaag gagaagagac 
2450
ccgttactaa aaagacatgg tcaggtaaat aatatctgac agccaactca 
2500
ttaacttcaa acctaacgac tacctggttt gtcttggctc catcttctta 
2550
aattttcgtt tattttctaa aacatttgaa tggattatca aaaaagaaaa 
2600
tgtcaagcaa tatttatatt tatgtacaaa tatttcaaaa acttttgaaa 
2650
gggaaagttc aaatgaaggg tggctcctca agatgcaatt tgattttgat 
2700
gagacaaaat gaggcacgtc tagtatgaca tcaactattt attgccttag 
2750
atctatccct tgtcttttgt tttcttgaaa acaaattcgt ttgctccctg 
2800
tatcaatata aagattaact tacaaaagag gtgatatata tatatatata 
2850
tacacattat atcccatctt attaataatg cttactaata ttgctaaatt 
2900
catattctat tttgggttgg ttttataaga aattgaattc ttatgccatc 
2950
tcatcaggtg tttatgaaat atgttaggga tccagttgaa ctgaactaac 
3000
attactaaat tgaattaatt aaattgtatg tatggctcgg gaaagaagaa 
3050
ggaacggatt ttctttcaga attgtggaat cgaattttgt tcttcttttt 
3100
gggcttaaat gttggttaga ttacaccatg acataaacaa aggccaaagt 
3150
atatgcttta agtgaaaatc tgtattttta aatcgactgg cgataacatg 
3200
tctgaaattg gtctatcaat cataaaaagt ctctaaatat gtatcttttt 
3250
attttttgaa taatgaatga tctataatgt gaatgtacaa cacatcattc 
3300
aattgattgt ctcacgattg aggcgctaaa ataaatgtga actcactaat 
3350
ttcaaatgtt ttttttttgt ttgttttttt gtatatatat atacttggaa 
3400
accgggattg gtcggaccat attcgcaacc cgaacatata cgtaaattaa 
3450
atacaaagaa cgtacatgtc cgtgtttatg tgtattacat gtttgtgtgt 
3500
acaaaaaaca attataccga gcttgtgatt attcaaaatt ttacccccat 
3550
aaaaatcttt tcctaaggaa tttatgtatc tttccctttg caatatgcaa 
3600
cctttatctc tgtaatataa agtatacaat aagacgtacc atatatatat 
3650
atgtagatgc atatttatat ctaaaacata aatgagacac gaaaaaccta 
3700
gatcctcccc caaatttcat ccaacggcac aaaccgcata ataaataacc 
3750
ctatcaaaat ataataataa aaattgaaat ttgatagcga tagtttagtc 
3800
ctcgatgaat gcgagtccct catatttact ccttttggca ttcactctct 
3850
ttatttctct ttctcaactt gatatgtctt ttggcgtctc tttctttccc 
3900
taaatctttc ttttattttg ctgtttaaaa aaaaaatcca accataagac 
3950
aaaacaacga acgaggaaga gagagagaga aggatatatc tctaatcacg 
4000
ATGCAGGAGA TAATACCGGA TTTTCTTGAA GAGTGTGAAT TTGTCGACAC 
4050
TTCACTAGCC GGAGATGATC TATTTGCCAT CTTAGAGAGT CTTGAAGGTG 
4100
CCGGAGAGAT ATCTCCGACA GCTGCATCTA CACCTAAAGA TGGAACCACA 
4150
AGTTCCAAGG AGTTAGTTAA GGATCAAGAT TATGAAAACT CATCTCCTAA 
4200
GAGGAAAAAG CAAAGACTAG AAACCAGGAA AGAAGAGGAC GAAGAAGAAG 
4250
AAGACGGAGA CGGAGAAGCA GAAGAAGATA ATAAGCAAGA TGGGCAACAA 
4300
AAGATGTCTC ATGTAACCGT GGAACGTAAC CGGAGAAAGC AAATGAACGA 
4350
GCACTTAACC GTTTTGCGTT CTCTTATGCC TTGTTTCTAC GTCAAACGGg 
4400
tatattcaat acatccatag attttactag tcagtatgtg agtttctggt 
4450
agtgcccgac taattaatac tattcgttca actaatcttt ttggtatacc 
4500
taactatcat attcatatat catttcttag taacatcaaa agtatcatgc 
4550
atatctatgt ttttttagga ataatgacaa ttataatgac attttggtcc 
4600
cactaatcat ctctttttct tttctttctt tcatgtcaca atgagatata 
4650
tagaatgttc atattgactt atattttctt tatttcctct taaaccaacc 
4700
tattaaaaaa agGGGGACCA AGCATCGATC ATAGGAGGAG TTGTGGAGTA 
4750
CATAAGCGAG TTACAACAAG TTCTCCAATC TTTGGAAGCC AAGAAACAAC 
4800
GTAAAACCTA CGCCGAAGTC CTAAGCCCGA GAGTTGTCCC GAGCCCTCGT 
4850
CCTTCACCGC CTGTTCTAAG CCCAAGAAAA CCGCCTCTTA GCCCGCGCAT 
4900
CAACCACCAC CAGATTCACC ACCACCTACT TCTCCCTCCC ATAAGTCCTC 
4950
GAACACCTCA GCCAACAAGC CCATACCGGG CCATTCCACC GCAACTACCA 
5000
CTCATCCCAC AGCCTCCGCT TCGCTCTTAC AGCTCATTGG CCAGTTGCAG 
5050
CAGCTTAGGA GATCCACCTC CATACTCTCC TGCTTCATCT TCTTCATCTC 
5100
CTTCAGTTAG TAGTAACCAT GAGAGTAGTG TGATCAATGA GCTTGTTGCT 
5150
AACTCAAAAT CGGCTTTGGC TGATGTGGAA GTGAAGTTTT CAGGAGCTAA 
5200
CGTGCTGCTC AAAACGGTGT CGCATAAGAT CCCGGGACAA GTTATGAAGA 
5250
TAATTGCTGC TCTTGAAGAT TTGGCTCTTG AGATTCTTCA GGTTAATATT 
5300
AACACCGTCG ACGAAACCAT GCTTAATTCT TTCACCATCA AGgtacgtac 
5350
gaataatcat cctaattaat tttcactgac ttgttttttt tgtctctatt 
5400
cataagtgta attcatacat ttattttctt acataggata tatggtgggg 
5450
gaagaaatgg gtagggtagt gtaataagta ataattcatt gagattcaca 
5500
taaactcata cacactttcg atatatatga aatttaatgt atgattctaa 
5550
tctacattat atatatatag atagatatat atatcattat ataaaacgta 
5600
gggtatgtgt atgtcagatt cctcacaaac atacaaaact aaactgttcg 
5650
ttgttttata ctacttttac taaaactctt ctctaattta tacatttgac 
5700
tttcttaaaa aaaacggtgt gaaagaacac gtgtttaaat attatataaa 
5750
ttatacgtga acattgaaga gcccccaaaa tcttcaattt taaattcgaa 
5800
aggaattatt ctatatattt ggaaattatt caaatagatc aagctgctga 
5850
agtttataag tgtcaagact tagtttctat ttttgataag tacttaaatt 
5900
tgttcaatga agaatttcta caatggatgt tttagtattg atgatttgat 
5950
tatcgaaaaa aacaagatca gagatcaagt agggatacta ttaactatgt 
6000
ctcgcaagta tagatatttg gtaattaagt tccttagaat aggtgattat 
6050
gttgagacga gaacagatct tttttttttt taataatagt taaatttgtt 
6100
tctttttcgt tgggagttta gtgcctcgag aaatatagag ctactcagaa 
6150
tgaaattaat tgaaaacact tatttttgta taaattatat tttttttcat 
6200
atcatctttt ttttttttgt taaagaacaa ttatcaatgt atacttctct 
6250
atcttttttt cttttgatag ATTGGAATTG AGTGCCAACT AAGTGCAGAA 
6300
GAACTGGCTC AACAAATTCA GCAAACATTC TGCTAGtaaa gaaggattta 
6350
atatagcttc gtataaacct taacgagaga gcagtacgta ctcactttct 
6400
ctccttagta tccctttaat tatcttttca gttttctgca aagatatgga 
6450
gtttaaaaaa ataaaattgt tatctaaagt tttaatcaaa tattgattaa 
6500
ttataactaa tataggtata agtgagtttt aaagattatc agcttcataa 
6550
cagccatcgt catgtttact ttcttttaaa ttttagaatt tagacgtact 
6600
cctaccatgt aattttattt ctgtcattac atcaagcatt gtagctgtaa 
6650
ttgcatatga atgaacaata gtgtatgagt gatctcatga ataatattct 
6700
tcttgcaaca caaaatgtta agggatatat ttttttgtaa atagaaagaa 
6750
tgattctaca tgccgcagca aatgttctga aaatcaaaag agtggatgtt 
6800
aaaaaaaaaa aaaaactaaa atgattgtac cttttataaa ctcttaaaag 
6850
atgttctttt tgggtgaaag tatggattat tttgtctcaa aaaaagaatt 
6900
atgtaaatat atacacattt atattgtata tatatatata tttgtgtaag 
6950
aactaattta aatgtctcgt ttcacatttt atcagtagaa tcatatttta 
7000
catcatgttt gggatgtgag aaaatgttta attgttgtta tgcaactatg 
7050
caaggcaagt ctgtgcacaa actaatttgg aatatgcaac ttaaaccaca 
7100
ataaattcgg attttacaca aactaagctt ataataaaat tatagccatg 
7150
ctcatatttt tttgtagATG TTGCATCCAA TCTCAACATT TAGATGCAAC 
7200
ATCGAATCAT CCATGTTCAA CATCAACATA TTGTTGGGTT TAAAACTTTT 
7250
GACTGTGAAA CTTCGTGTGG CTGGTTTAGA GATCAACCAA ACCCCAAAAC 
7300
TGATGGTGGT GAATATCCCT AGCTATTCAA ATTGTAGTTT GTAGatatcc 
7350
gatttttttt ttttttccgt cactttgtag atatccgaat tatcaataca 
7400
ttctctgaaa tggatagtcc taacgcagtg tatccactac tggtgaactt 
7450
acaactgggc tgtaaaaact gaaattgggc attttttatc ggcccatagt 
7500
tttaccttta cttgtattgg tcgagtgacg ttgataatct gtcgtacctt 
7550
gttaaataat gggctaaaat aattgggaca ctattgggcc taaaagcttt 
7600
aactaagatt gtgatttgtg agtttatgtg aaacgacata tagctgaaga 
7650
attgaatcgt ttggttcgta atcatgaaaa tcatataatg gaaaattcta 
7700
tccgttaaat cctgtccatg aaaagttagt tttagacgca aaccgtccgt 
7750
tcattagtcg tttaccaatg agaatcacgt tttttaaata gacgtttagg 
7800
atgatctcat atagtacttt ttatcgtgtt ggtag
7850